Mamiferos
Nombre Común	Nombre Científico	Comentarios
Manatí Antillano	Thichechus manatus	Habita en aguas costeras llanas, en la desmbocadura de los ríos; se alimenta de hierbas marinas.
Ballena Jorobada	Megaptera novaengliae	Especie marina; tiene aletas negras en la parte superior y blancas en la parte inferior.
Murciélago marrón come flores	Erophlylla sezekorni	Es de color pardo amarillento; habita en cuevas; es una especie nocturna.
murciélago Rojo	Stenoderma rufum	Tiene una mancha blanca en la base de cada oreja y en los hombros; el único murciélago endémico de PR; duerme en árboles, de actividad nocturna; se alimenta de frutas.

Aves
Nombre Común	Nombre Científico	Comentarios
Reinita de Bosque Enano	Dendroica angelae	Es negra por arriba, con una gran mancha negra en las mejillas, marcas blancas en la cara y dos barras blancas en las alas; habita en los bosque de alta elevación en la Sierra de Luquillo y la Cordillera Central.
Pato Quijada Colorada	Anas bahaemensis	Habita en humedales costeros (charcas y lagunas), principalmente al este de PR, Vieques y Culebra.
Playero Blanco	Charadrius alexandrinus	Mide de 6 a 6½ pulgadas; de espalda pálida con parches marrón oscuro en ambos lados del pecho; pico corto y esbelto; patas color gris y una mancha negra a cada lado del pecho. Anida en las salinas de Cabo Rojo.
Palometa	Steriadougalli	Es una gaviota de 14 a17 pulgadas; se distingue por partes dorsales pálidas, corona negra y cola bifurcada. El pico es fino y negro y rojizo en la base.
Gallinazo Nativo	Fulica caribaea	Es grisáceo, con una placa frontal blanca y pico con una frana rojiza cerca de la punta. En PR se haya en cuerpos de agua dulce y salobre.
Playero Melódico	Charadrius melodus	Mide de 6 a 7.5 pulgadas; tiene las partes superiores del cuerpo, incluyendo la cabeza, de color grisáceo claro; cola blanca con una mancha negra; la parte inferior del cuerpo blanco con una banda negra en el pecho; pico amarillo con la punta negra y las patas amarillas.
Chiriría Nativa	Dendrocygna arborea	Es el pato de mayor tamaño de las especies nativas (alcanza un tamaño de 22 pulgadas), de patas largas; plumadas achocolatadas con estrías y puntos mas oscuros muy visibles especialmente en el pecho y abdomen; pico y patas negros. Tiene el pescuezo más que las otras epecies de patos.
Pato Chorizo	Oxyura jamaicensis	Es un pato pequeño; se caracteriza por los cachetes blancos, pico azul y cola en forma de abanico. Estas características varían dependiendo del sexo, época del año y edad. La hembra tiene una líena en el cachete.
Pato Dominico	Nomonix dominica	Se identifica por su cara negra, plumaje marrón cola en forma de abanico; su esplada es marrón rojizo con manchas negras; la hembra tiene dos líneas en el cachete.
Cotorra de Puerto Rico	Amazona vittata vittata	Es de color verde y se distingue por su plumaje rojo sobre el pico, aro blanco alrededor de los ojos y azul turquesa en las alas. Acualmente se encuentra restringida a la Sierra de Luquillo y el Bosque de Río Abajo. Desde 1989 se están procreando aves en cautiverio en aviario den Río Abajo.
Paloma Sabanera de PR	Ptagonia inornata wetmorei	Es una paloma grande, de color grisáceo, ojos azules; pico negro y patas rojizas.
Mariquita de Puerto Rico	Agelaius xanthomas	Parecida al Mozambique, excepto por la macha amarilla en el codo del ala, el resto del plumaje es negro. Endémica de PR. Habita al sudoeste y en Mona.
Guabairo Pequeño de Puerto Rico	Cprimulgus notiterus	De color achocolatado moteado con banda rojiza achocolatada alrederor de la garganta; mide 9 pulgadas; de hábitos nocturnos; anida en la tierra en zonas de bosque seco, como los bosques de Susúa, Gúanica, Peñuelas y Guayanilla.
Guaraguao de Bosque	Buteo platypterus brunnescens	Es un ave de rapiña más pequeña que el guaraguao común; de alredor de 15 pulgadas; cola negruzca cruzada por dos bandas definidas grisáceas o blancuzcas; partes ventrales achocolatadas claras, densamente marcada, especialmente en la garganta con marrón oscuro. Anida únicamente en PR.
Halcón de Sierra	Accipiter striatus venator	Es un ave de rapiña que alcanza de 11 a 13 pulgadas de largo. La hembra es más grande que el macho. Ambos sexos son muy parecido en coloración, espalda gris plomo, vientre blanco con estrias cobrizas y grises; cola larga y estrecha, alas cortas redondeadas en las puntas. Es endémico de PR y habita en los bosques de Luquillo, Carite, Tono Negro, Río Abajo, Guajataca y Maricao.
Falcón Peregrino	Falco peregrinus tundrius	Es bastante grande, de alas largas y puntiagudas, cola larga y estrecha; banda ancha negra a lo largo de la garganta, dando la impresión de un bigote y tiene barras oscuras en el vietre. Es un ave migratoria que se encuentra en PR en los meses de invierno.
Pelícanopardo o Alcatraz	Pelicanus occidentalis	Ave marina de gran tamaño, con bolsas gular enorme y su característica forma de volar. También se distingue por su forma de lanzarse al agua en busca de peces.

Reptiles
Nombre Común	Nombre Científico	Comentarios
Iguana de Mona	Cyclura cornuta stejnegeri	El lagarto nativo más grande PR; puede alcanzar los cuatro pies de largo; de los que prácticamente la mitad corresponde al rabo; de color grisáceo, cuerpo y patas robustas, cabeza grande, rodeada de promontorios, con un pequeño cuerno en la punta del hocico; una cresta dorsal se extiende desde la cabeza hasta el rabo. Se encuentra en Mona.
Lagartijo del Seco	Anolis cooki	De colaración dorsal gris claro, moteada de negro o marrón oscuro; la parte inferior de la cara y partes laterales del cuerpo blancuscos y rabo largo con crestas. Se encuentra en el sudoeste de PR desde Cabo Rojo hasta la Isla de Caja de Muertos. Habita en áreas secas y arenosas, y áreas de calizas.
Lagartijo Gigante de Culebra	Anolis roosevelti	No se sabe mucho acerca de él porque hace tiempo que no se observa. Se conoce de Isla de Culebra.
Lucía	Mbuya mbouya sloanei	Es un reptil de color castaño bronceado, pequeño, liso y brillante, de hábitos terrestres. Se han avistado en Culebra, Vieques, Desecheo, Cayo Icacos, Mona y Monito. También se pueden encontrar en República Dominicana y Jamaica.
Gecko o Salamaquita de Monito	Sphaerodactylus micropihecus	Se encuentra solamente en Monito. De color broceado pálido con la parte superior moteada, en forma irregular, por escamas de color marrón oscuro.
Boa o Culebrón de Mona	Epicrates monensis monensis	Alcanza un largo aproximado de un metro, de color marrón claro con manchas oscuras y vientre color crema. Es de hábitos nocturnos, aunque se asolea por las mañanas; se puede encontrar en Mona.
Boa o Culebrón Puerto Rico	Epicrates inornatus	Es el más grande de las culebras de PR, llegando a alcanzar los 6 pies de largo; de color marrón oscuro o grisáceo, con manchas más oscuras a lo largo del dorso; de hábitos nocturnos y se avista con más frecuencia en las zonas de los mogotes de la costa norte.
Lagartijo Jardinero del Sur	Anolis poncensis	Se encuentra en el área sur y sudoeste de PR en áreas de pastos y arbustos; puede ser avistado con bastante frecuencia.
Boa de la Cordillera o Islas Vírgenes	Epicrates monensis granti	Es de costumbres nocturnas; durante el día utiliza secciones sueltas de nido de termitas y hojas de palmas de coco como refugio; es la más amenazada de las culebras en PR; se limita al área de Río Mar y Cayos al este.
Tortuga Verde o Peje Blanco	Chelonia mydas	De color castaño, usualmente sombreado de oliva- su nombre se deriva del color de su grasa (verde) por efecto de la hierba marina Thalassia de la que se alimenta. Puede alcanzar un peso de 400 lbs.; se encuentra en Mona, Culebra, Caja de Muertos y Manatí.
Carey de Concha	Eretmochelys imbriacata	Mide aproximadamente un metro y alcaza un peso de 150 lbs. De caparazón (concha) duro, formado por placas de color marrón y amarillo ámbar, sobre puestas como las tejas de un techo; el caparazón inferior es amarillo; la piel de la cabeza y las aletas tienen manchas cafés rodeadas de amarillo; en las playas de Mona, Culebra y Culebrita.
Tinglar o Baula	Dermochelys coriacea	Es la tortuga marina más grande que existe en la actualidad, pude alcanzar un tamaño de 7.8 pies de largo y pesar unas 1,485 lbs. Es de color negro y la única especie que no tiene un caparazón duro. Anida en playas de la isla de Culebra.